Secara umum hal-hal yang dapat dilakukan untuk mencegah timbulnya hama dan penyakit pada kegiatan budidaya ikan antara lain adalah :
Ö Pengeringan dasar kolam secara teratur setiap selesai panen.
Ö Pemeliharaan ikan yang benarbenar bebas penyakit.
Ö Hindari penebaran ikan secara berlebihan melebihi kapasitas atau daya dukung kolam pemeliharaan.
Ö Sistem pemasukan air yang ideal adalah paralel, tiap kolam diberi satu pintu pemasukan air.
Ö Pemberian pakan cukup, baik kualitas maupun kuantitasnya.
Ö Penanganan saat panen atau pemindahan benih hendaknya dilakukan secara hati-hati dan benar.
Ö Binatang seperti burung, siput, ikan seribu (Lebistus reticulates peters) sebagai pembawa penyakit jangan dibiarkan masuk ke areal perkolaman.
Pada pemeliharaan ikan di kolam hama yang mungkin menyerang antara lain lingsang, kura-kura, biawak, ular air, dan burung. Hama lain berupa hewan pemangsa lainnya seperti; udang, dan seluang (Rasbora). Ikan-ikan kecil yang masuk kedalam kolam akan menjadi pesaing ikan yang dipelihara dalam hal mencari makan dan memperoleh oksigen. Untuk menghindari serangan hama pada kolam sebaiknya semak belukar yang tumbuh di pinggir dan disekitar kolam dibersihkan. Cara untuk menghindari dari serangan burung bangau (Leptotilus javanicus), pecuk (Phalacrocorax carbo sinensis), blekok (Ramphalcyon capensiscapensis) adalah dengan menutupi bagian atas kolam dengan lembararan jaring. Cara ini berfungsi ganda, selain burung tidak dapat masuk, juga ikan tidak akan melompat keluar.
2 Pencegahan terhadap beberapa penyakit
1. Pencegahan terhadap white spot
Tindakan karantina terhadap ikan yang akan dipelihara merupakan tindakan pencegahan yang sangat dianjurkan dalam menghindari berjangkitnya white spot. Pada dasarnya white spot termasuk mudah dihilangkan apabila diketahui secara dini. Berbagai produk anti white spot banyak dijumpai di took-toko perikanan.
Produk ini biasanya terdiri dari senyawa-senyawa kimia seperti metil biru, malachite green, dan atau formalin. Meskipun demikian, ketiga senyawa itu tidak akan mampu menghancurkan fas infektif yang hidup di dalam tubuh kulit ikan. Oleh karena itu, pemberian bahan ini harus dilakukan berulang-ulang untuk menghilangkan white spot secara menyeluruh dari wadah pemeliharaan.
Perlu diperhatikan bahwa spesies ikan tertentu, khususnya yang tidak bersisik, seperti lele, diketahui sangat tidak toleran terhadap produk-produk anti white spot, oleh karena itu, perhatikan cara pemberian obat-obatan tersebut pada kemasannya dengan baik Perlakuan perendaman dengan garam dalam jangka panjang (selama 7 hari pada dosis 2ppt (part per thousand)) diketahui dapat menghilangkan white spot. Perlakuan ini hanya dapat dilakukan pada ikan-ikan yang tahan terhadap garam.
Wadah dapat dibersihkan dari white spot dengan cara memindahkan seluruh ikan dari wadah tersebut. Pada lingkungan tanpa ikan sebagai inang, fase berenang dari whte spot akan mati dengan sendirinya. Pada wadah pemeliharaan ikan dengan suhu diatas 21°C, akan terbebas dari white spot setelah dibiarkan selama 4 hari. Akan lebih aman lagi apabila wadah tersebut dibiarkan selama 7 hari. Semua peralatan budidaya juga akan terbebas dari white spot setelah dibiarkan selama 7 hari.
Radiasi dengan sinar ultra violet dapat pula membantu mengurangi populasi white spot. Ikan yang lolos dari serangan white spot diketahui akan memiliki kekebalan terhadap penyakit tersebut. Kekebalan ini dapat bertahan selama beberapa minggu atau beberapa bulan. Meskipun demikian ketahanan ini dapat menurun apabila ikan yang bersangkutan mengalami stres atau terjangkit penyakit lain. Untuk mencegah agar tidak berjangkit penyakit bintik putih, air kolam harus sering diganti atau dialiri air baru yang segar dan jernih. Harus dijaga agar air buangan ini tidak menularkan kepada ikan di kolam-kolam lain.
2. Pencegahan terhadap jamur
Pencegahan jamur dapat dilakukan dengan cara menjaga kualitas air agar kondisinya tetap baik. Agar ikan tidak terluka, perlakuan hati-hati pada saat pemeliharaan ikan sangat perlu diperhatikan.
3. Pencegahan terhadap bakteri
Pada umumnya bibit penyakit, apalagi berupa bakteri yang sangat kecil dan sudah tersebar di semua perairan, sukar sekali diberantas sampai tuntas. Karena air merupakan media penular yang membawa bibit-bibit penyakit secara luas. Maka cara pencegahanlah yang harus dipahami benar-benar oleh petani ikan. Ikan akan terhindar dari wabah penyakit apabila ikan selalu dalam kondisi yang baik. Kondisi baik artinya, makanan cukup, keadaan lingkungan baik, bersih dari segala pencemaran, agar ikan-ikan berdaya tahan tinggi untuk membentuk kekebalan alamiah terhadap berbagai penyakit.